アニメ「NARUTO-ナルト- 疾風伝」を全話無料・見逃し視聴できる動画配信サービスまとめ

木ノ葉隠れの里では、木ノ葉丸軍団がDランク任務にいそしんでいた。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影が…。自来也との長き旅を終え、大きく成長したナルトだった!!

ナルトは修業の成果を見せるためにサクラとタッグを組み、かつて行ったサバイバル演習でカカシに挑むことになる。一方、砂隠れの里では風影となった我愛羅の近くで不審な動きが起こる。

白熱するナルトたちのサバイバル演習。術の連係にキレを増したナルトに、サクラも綱手直伝の技を駆使してカカシを追い込んでいく。その頃、砂隠れの里では“暁”のデイダラが極秘潜入を開始し…!?

いち早くデイダラの存在に気づいた我愛羅によって開かれる戦端。巨鳥に乗るデイダラと砂に乗る我愛羅の空中戦が展開される。一方、木ノ葉ではナルトたちのサバイバル演習が続いていた。

カカシとの勝負に勝ち、自分たちの成長を証明してみせたナルトとサクラ。一方、砂の里では我愛羅とデイダラの激しい戦闘が続いていた。戦況を見守るバキは、守鶴が発現した場合を考え警戒する。

デイダラの起爆粘土から里を守るため、チャクラを総動員して巨大な砂の盾を完成させる我愛羅。辛くも里を救うが、生じた隙から絶対防御を逆手に取られ、次々とデイダラの罠に絡め取られていく。

力尽きた我愛羅を連れ去るデイダラ。カンクロウはバキの制止を振り切り、追跡を開始する。しかし追っ手がかかることは“暁”の想定内。巧妙に仕掛けたトラップで砂の追っ手を脱落させていく。

砂隠れの里から風影誘拐の報せが木ノ葉に届く。一刻を争うと判断した綱手は、早速カカシ班を砂に向かわせる。一方、“暁”との戦端を開くカンクロウ。しかし傀儡の仕込みを次々と読まれ苦境に…!?

砂隠れの里へ先を急ぐナルトを諌めるカカシだが、ナルトは我愛羅の身を案じ、“暁”に対する激しい怒りを爆発させる。一方、瀕死の状態で回収されるカンクロウ。早速治療が施されるが…!?

一刻を争うカンクロウの病状。それは毒の専門であるチヨバアの手にすら余る代物だった。一縷の望みは綱手より遣わされた木ノ葉の援軍のみ。しかし肝心のナルトたちは、砂嵐に行く手を阻まれ…!?

危篤状態のカンクロウに完璧な処置を施していくサクラ。仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨバアだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣いとサクラの懸命な治療に心を打たれ…!?

“暁”のアジトを突き止め、直ちに発とうとするカカシ班。里の警備を命じられたテマリに代わって同行の名乗りをあげたのはチヨバアだった。一方、パックンは砂へ向かうガイ班の元に辿りつき…!?

因縁の相手、うちはイタチと遭遇したカカシ班。イタチを一手に引き受けんとするカカシはナルトに後方の援護を要請する。一方、同じく因縁の相手、干柿鬼鮫との戦闘に突入するガイ班。

教え子を水牢の術に捕らえられ、失策を悔いるガイは、愛用のヌンチャクで鬼鮫に挑む。超体術VS怪力の激しい肉弾戦。テンテンが酸素不足の限界を迎える中、ついにガイは禁断の奥義の準備に入る。

窮地に陥るナルトを救ったのは、チヨとサクラだった。すかさず反撃に転じるカカシ。ついにナルトと協力してイタチを仕留めるのだった。一方、鬼鮫相手に苦戦を強いられていたガイだが…!?

鬼鮫とイタチは「象転の術」によって姿と能力を模された別人だった。これを時間稼ぎと読むチヨバアとカカシは、“暁”は我愛羅から尾獣を引き剥がしにかかっていると推測し、焦りをにじませる。

ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明する。その頃、“暁”による「封印術・幻龍九封尽」は完成の時を迎えていた。

“暁”のアジトにたどり着いたカカシ班とガイ班。侵入を試みるも、結界に行く手を阻まれる。結界解除の方法は、仕掛けられた五枚の札を同時に剥がすことのみ。ネジの白眼で札を探り出し…!?

結界解除の際のトラップにより、おのれの写し身との戦いを余儀なくされるガイ班。各自の能力をもコピーする精巧な偽物に苦戦する。一方、我愛羅を攫ってアジトを飛び出すデイダラを追うナルト。

ついに対決の時を迎える祖母と孫。あらわになったサソリ異形におののくサクラに、チヨバアは傀儡「ヒルコ」の説明をする。中にいるサソリ本体を倒すにはまずヒルコを破壊せねばならない。

ヒルコからサソリを引きずり出すことに成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いたことにサソリは20年前と変わらぬ風貌をしていた。次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿にさらに驚嘆する。

「自らが傷ついても必ずサソリを捕まえ、大蛇丸のことを吐かせる」と宣言するサクラの猛々しい覚悟はチヨバアの心に大きく響く。サクラを守るため、チヨバアは因縁の傀儡を口寄せする。

チャクラを磁力に変えるという特殊能力を持つ３代目風影の人傀儡を前に、チヨバアはサクラに退避を促す。だがときすでに遅くサソリの猛攻撃が開始する。そんな中、サクラはひとつの決断をする。

３代目風影の砂鉄攻撃を怪力で押し返すサクラ。攻撃パターンを見切り始めていた。このままでは時間を食うと判断したサソリは、チャクラ消費を覚悟で広域で標的を捉える「砂鉄界法」を繰り出す。

隠し玉の解毒薬にて３代目風影を破壊したサクラ。驚愕のチヨバアにサクラは解毒薬の説明をする。解毒効果が持続する時間は約３分。チヨバアとサクラは制限時間内にサソリを倒そうと決意する。

なんとか制限時間内に倒したものの、傀儡であるサソリは再び蘇ってしまう。チヨバアは己で禁じていたカラクリ「白秘儀・十機近松の集」を口寄せ、サソリは「赤秘儀・百機の操演」の構えに入る。

身を挺して自分の危機を救ったサクラのため、同じく毒に侵されたチヨバアは最後の解毒薬を使った。互いを思いやるくノ一たちの行動をせせら笑うサソリがチヨバアにとどめを刺そうとした瞬間…!?

未だガイ班の戦闘は続いていた。時間とともに疲労の色を見せる本体とは逆に、動きをキープし続ける偽者。一方、デイダラを追うナルトたち。激しい追走の中でもカカシの新術の準備は着々と進み…!?

ついに発動するカカシの「万華鏡写輪眼」。その術は瞳に捕らえられた空間を別の空間に転送してしまう脅威の瞳術だった。術を食らったデイダラの隙をつき、我愛羅奪還に成功するナルトだが…!?

怒りに己を失い九尾に支配されゆくナルト。自来也の忠告を受けていたカカシは、すんでのところで九尾の暴走を抑える。サクラたちが合流したことでサソリの敗北を知るデイダラだが…!?

ナルトの力を借り、我愛羅に転生忍術を施すチヨバア。術の代償を知るサクラは涙をにじませるが、チヨバアはしっかりとした言葉で若き忍たちに未来を託す。やがて我愛羅が目を覚まして…!?

我愛羅とともに砂隠れに凱旋するナルトたち。しかし情報を報告するため、直ぐに木ノ葉に戻る必要があった。一方、森はずれの荒野では“暁”のゼツと手下トビの前に満身創痍のデイダラが現れる。

木ノ葉に帰還するナルトたち。万華鏡写輪眼のダメージが抜け切らないカカシは１週間の安静を言いつけられる。大蛇丸の部下との接触の機会は４日後と迫っていた。

「人柱力であるナルトを“暁”絡みの任務につけるべきではない」と主張する、里のご意見番、ホムラとコハル。今後ナルトへの監視と護衛を強化すべきという提案を断る綱手だが…!?

先の襲撃はサイによる力試しだったことを知り憤るナルト。カカシ班に険悪なムードが漂い始める。一方、カカシの病室。自来也は過去のナルトの暴走の様子を報告し、ヤマトに注意を喚起する。

天地橋を目指す新カカシ班。「サイはサスケ不在の間の穴埋め」と考え、あくまで班員として認めようとしないナルトに対し、サイがサスケを侮蔑したことから対立はついに決定的になる。

天地橋への道のりを急ぐナルトたち。あくまで「サソリのスパイの拘束」を目的とする今回の任務の難しさを知るヤマトは、万一戦闘に突入した場合に備え、作戦中は２人１組で動くことを提案する。

天地橋での本番を前に、チームプレイのシミュレーションを行うカカシ班。サイはナルトを見捨てることで任務を成功させる。噛みつくナルトだが、逆に戦闘力の低さを指摘される羽目に。

スパイ拘束の日。かねてからの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる“暁”のスパイ。だがその正体は薬師カブトだった。更にカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し…！

仇敵である大蛇丸の出現に、いきなり九尾の力を解放するナルト。その驚異的な力を目の当たりにしたヤマトはナルトの４本目の尾を見て命を落としかけたという自来也の話を思い出していた。

３本目の尾を発動し、大蛇丸のみを標的として追うナルトの目に仲間の姿は映らない。サクラ救出に手を差し伸べるヤマトの隙をつき、サイはついにダンゾウから託された極秘任務をスタートさせる。

４本目の尾の発動により完全に自我を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近づいたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。

化物の姿と成り果ててもサスケへの想いを手放さないナルト。その姿にサクラはヤマトの制止を振り切ってナルトに駆け寄り…。一方その頃、戦線を離脱しようとしていた大蛇丸の前にサイが現れ…!?

大蛇丸との接触を果たすサイ。ダンゾウからの伝言に大蛇丸はサイを受け入れ、アジトに連れ帰ることを決める。一方、暴走を止められたナルトだが、その肉体は深刻なダメージを受けていた。

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第２の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルトたち。一方、分身ヤマトの追尾に気づいた大蛇丸一行は追っ手をまくために、サイを使ったある手段に出るが…!?

周辺を破壊しサクラを傷つけた犯人は九尾解放時の自分と知らされ、ショックを受けるナルト。一方、サイの残した絵本を見ていたサクラはそこに描かれた奇妙な物語に疑問を抱いていた。

大蛇丸のアジトにてサスケと対面するサイ。情報と引き換えに大蛇丸の下についたサイだが、信用が完全なものとなるまで軟禁されることに。部屋にひとりきりになったサイは、謎の冊子を口寄せする。

ヤマトの先導によってサイの居所を突き止めるカカシ班。早速ダンソウによる「木ノ葉崩し計画」について問い詰めるが、不思議なことにサイはあっさりと計画の全貌を暴露する。

異変に気づいたカブトに襲撃を受けるカカシ班。そんな中、サクラに矛盾を指摘されたサイの心にはある変化が生まれていた。戦闘態勢に入ったナルトたちを驚かせるサイの驚愕の行動とは…!?

兄への気持ちを思い出し、サイは未完成の絵本を完成させる。しかし大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。一方その頃、サイはサスケの元に辿り着いていた。暗殺か救出か…、根の者であるサイが選んだ結末とは!?

ついにサスケとの再会を果たしたナルトたち。しかしイタチへの復讐を第一の目的に据え、ナルトたちとのつながりはすでに断ち切ったと告げるサスケは、容赦なくナルトたちに切りかかる。

必死に呼びかけるナルトの思いもむなしく、サスケの復讐への覚悟が翻ることはなかった。ヤマトは実力行使でサスケ拘束を試みるが、大蛇丸の介入により事態は急激に終結を迎える。

サスケ奪還失敗より数日後、奇妙な悪夢がナルトを襲う。目覚めた後も不思議な余韻に捕らわれる。図書館を訪れたサクラは、人間関係の本を読み漁るサイに遭遇して…!?

カカシとの修業に入るナルト。「螺旋丸を超える、ナルトだけのオリジナル忍術」を開発するため、カカシが編み出した修業方法とは。新術開発に必要な「チャクラの性質」を調べることになるが…!?

自分のチャクラが「風」の性質を持つことを知り、修業に熱が入るナルト。しかしなかなか進まない状況に業を煮やしたナルトは、同じ「風」のチャクラを持つアスマにコツを聴きに行くことに。

カカシ班に命じられたのは火の寺で頻発している「墓荒らし事件」の解決だった。犯人の狙いは火の寺周辺にある「四つの隠し墓」に葬られた忍の遺体ではないかと睨むヤマト。

火の寺にて待機するカカシ班に、地陸は隠し墓の主が火の国大名の直属組織「守護忍十二士」であることを明かす。一方、ナルトは寺の僧たちとソラの間に漂う微妙な空気に疑問を抱く。

最後の隠し墓が暴かれたとの連絡を受け、柩の行方を追うナルトたち。しかしそれはナルトたちを呼び込むための敵の罠だった。敵の真意を測りかねるヤマトだが、有無を言わさず戦闘が開始される。

敵の「土地寄せの術」によって分断されたナルトたち。圧倒的に地の利がある敵に苦戦を強いられてしまう。打ち込まれたマーカーにより動きを読まれたサイは、サクラをかばってその身に毒を受ける。

隠し墓を襲った謎の男、フリドとの戦闘になだれ込むソラ。一方、全ての属性を操り、致命傷を受けてもなお立ち上がるフウカに絶体絶命の危機に追い込まれるナルト。そこに駆けつける助っ人とは…!?

しばし戦列に戻れないサイの代わりを理由にソラを臨時のカカシ班員として迎え入れることを決めたヤマト。気乗りしないナルトだが、ソラの面倒を丸ごと押しつけられてしまうことに。

ひょんなことからアスマに修業を見てもらうことになるナルトとソラ。アスマの鉄拳指導の下、２人は風の属性修業に没頭していく。木ノ葉での生活に安らぎを見出しつつあるソラだったが…!?

雨隠れの忍との密会という、不審行動をとるダンゾウを拘束する綱手。一方、アスマこそが父の仇であるという確信を得て、憎悪に駆られるソラはフリドの導きのままに、木ノ葉へと刃を向ける。

フリドたちによる木ノ葉襲撃が幕を開ける。警戒態勢に入る木ノ葉だが、フリド勢の防御結界により、住人全員が里内に閉じ込められる事態に。混乱の中、逃亡を図るソラに追いつくナルトとアスマ。

最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術により再び生を得た、守護忍十二士たちの姿だった。フリドの目的は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くすことだったのだ。

フリドの狙いが火影抹殺のみならず、木ノ葉の里の殲滅であることを知るソラ。フリドを止めようとするが、圧倒的な力量差で押さえ込まれる。騒乱の中、刻一刻と木ノ葉に雷夢雷人の危機が迫る。

木ノ葉殲滅まであとわずかという危機の中、アスマはキタネを止めるため、力を振り絞る。一方その頃、ナルトは全属性を駆使するフウカの不可思議な術に劣勢を強いられていた。

ソラの元に辿り着いたナルトとアスマが目にしたのは、変わり果てたソラの姿だった。ソラの中には10年前ナルトの中に封印し切れなかった、九尾のチャクラが植えつけられていたのだ。

フリドの正体は死んだはずの守護忍十二士のクーデター首謀者、カズマだった。アスマは己の義をかけ、再びフリドと対決する。一方、暴走し始めるソラを押さえ込もうとするナルトだが…!?

九尾を抑えつつ、懸命にソラの心を呼び戻そうとするナルト。一方、フリドとアスマの戦いも決着の時を迎えていた。玉とは、義とは、親子とは…、元守護忍十二士がたどり着く結論とは!?

自来也との調査から戻ったカカシは、綱手に“暁”が動き出した旨を報告していた。その頃、雷の国の雲隠れの里では飛段と角都による二尾狩りが終盤を迎えつつあった。

再開される新術開発に張り切るナルト。性質変化の修業は次段階に入り、今度は風のチャクラのみで滝を切ることに。一方、捕縛した二尾をゼツに託した飛段と角都は、九尾を求めて火の国に向かう。

生き残った僧により木ノ葉にもたらされる、火ノ寺全滅の報せ。綱手は“暁”を討つべく、新編成した二十小隊を対暁戦へと差し向ける。一方その頃、ナルトは滝を切る修業に懸命に打ち込んでいた。

“暁”を追い、包囲網を敷く木ノ葉。しかし一向につかめぬ足取りに、綱手の苛立ちはつのってゆく。一方その頃、アスマ班は壊滅した火ノ寺に到着していた。そこには地陸の遺体だけが見当たらず…!?

風遁属性を入手したナルトはカカシに新術開発の難しさを告げられていた。螺旋丸に属性を組み込むことは四代目火影にさえ成せなかったことだが、カカシの言葉に背を押され、渾身の力で打ち込む。

遂に“暁”の飛段との戦いになだれ込むアスマ班。隙を突いて先手を取るも、次第に明らかになる飛段の能力に戦慄する一同。さらに角都も登場し、木ノ葉勢は絶体絶命の窮地に立たされる。

飛段の不可解な術によって、全ての攻撃をわが身に受けてしまうアスマ。その術は飛段とアスマの体をリンクさせるというものだった。間一髪、影首縛りで飛段の動きを止めるシカマルだが…!?

シカマルが術を見破ったことにより、飛段に渾身の一撃を叩き込むアスマ。しかし、首を切断されたにもかかわらず飛段は生き続けていた。唖然とする木ノ葉たちの前で、角都が参戦を宣言する。

“暁”によって窮地に追い込まれ、絶体絶命のシカマルたち。そこに駆けつけたのは、イノとチョウジをはじめとする増援部隊だった。仲間たちを救出し、再び“暁”とにらみ合う木ノ葉たちだが…!?

木ノ葉では帰還したシカマルたちが綱手に任務報告をしていた。紅の心中を慮る綱手だが、シカマルは自らアスマの死を紅に告げる役を買って出る。一方、新術開発に行き詰まりを感じるナルトは…!?

アスマの葬儀を欠席したシカマルは、深い喪失感から立ち直れずにいた。見えてくる「通すべき筋」とは…。「“暁”拘束任務」の続行を決める第十班。綱手に無謀な出撃を反対されるが…!?

“暁”拘束に出発した十班とカカシ。増援はナルトたち七班と考える綱手は、ナルトに24時間以内に新術を完成させるように命じる。一方、シカマルたちは、角都、飛段との対決のときを待っていた。

先制攻撃を仕掛けるものの、物理攻撃一切を無効化する角都の能力に戦慄するシカマルとチョウジ。そのカラクリを看破したカカシに角都はあっけなく倒されるが…。そこに起こるある異変とは？

「頭刻苦」の猛烈な火遁攻撃をかろうじてかわすシカマルたち。カカシには疲労が蓄積していた。飛段と角都を倒すためには、敵を分断するしかないと判断するシカマルは自ら陽動役を買って出る。

一人森の奥で飛段と対峙するシカマルは、飛段に血を取られ絶体絶命の危機を迎えていた。同じ頃、カカシもまた角都の猛攻撃を受け、遂に捕らわれてしまう。その時、角都にある異変が起きて…!?

間一髪でカカシ班の増援に駆けつけたナルトたち。その頃、飛段に追い詰められたかに見えたシカマルには、勝負の時が迫っていた。不死身の飛段を倒すべく、シカマルが周到に用立てたモノとは…!?

ナルトの新術の威力に驚くイノとチョウジ。角都もまた本能的にその危険性を察知するが、発動時間の短い新術は角都に当たる手前で消滅してしまう。ナルトはもう一度やらせて欲しいと懇願する。

アスマの墓前で妊娠中の紅に会ったシカマルは、アスマの残した「玉」を今度は自分が守ると宣言する。一方、ナルトの右腕は思いの他重症だった。綱手は、二度と新術を使わせないよう警告する。

束の間の平和を打ち破る、大蛇丸のアジト発見の報。綱手はカカシ、ヒナタ、シノ、キバによる探索班を結成。ナルトは、自来也に新たな術を伝授してもらうため旅立つ。

自来也はナルトに風遁螺旋手裏剣に代わるガマとのコラボ忍術を提案する。ところが相棒のガマとして口寄せされたのは、３年間の修業期間で決定的にウマがあわなかった忍ガマのガマ力さんだった。

三尾召還実験をするカブトと幽鬼丸。消耗の激しい幽鬼丸を癒すため、カブトは温泉に立ち寄ることにする。そこにはナルトと自来也が滞在し、ガマ吉、ガマ竜とのコラボ忍術修業に励んでいた。

“暁”の動向を探るため旅立ってしまう自来也。ナルトは里に戻り、修業の続きを行うことに。一方、カカシたちは、シノが晶遁で死滅したと思われていた寄壊蟲の生き残りの気配を察知する。

麟児とゴズは、自分たちを追尾する忍の存在を感じ取っていた。時を同じくして、敵が周辺を監視していることに気づくカカシたち。両勢力は互いの存在を意識しつつ、動きを探りあうことに。

カカシたちが大蛇丸のアジト探索任務に当たっていることを知り、居ても立ってもいられないナルト。シノは晶遁に対する免疫を持つ寄壊蟲を増やすため、一度戦線を離脱することに。

カカシ班の援護に出発するヤマト班。ナルトはガマ竜の腹に入ることで新術へのヒントを掴むのだった。一方、カカシたちだが、間一髪の差で気取られ紅蓮配下たちとの戦闘へとなだれ込んでしまう。

寄壊蟲の解析結果により、カカシたちが戦っている相手は「晶遁」という稀少な術の使い手であることが判明。一方、ゴズとリンジを退けた探索班だが、結界忍術に捕らわれてしまう。

ガマとのコラボ忍法を成功させ、結界を粉砕してカカシ班の元に駆けつけたナルトたち増援班。しかし、ナルトの新術は流体を結晶化させる紅蓮の能力により返り討ちになってしまう。

蝙蝠を使って、紅蓮たちを追尾する木ノ葉。その行く先に現れた麟児たちとの交戦に入る直前に、カカシはナルトを湖に向かわせる。その頃、湖では紅蓮たちによる三尾捕獲作戦が展開していた。

濃霧の中、ナルトとの合流を果たす木ノ葉たち。霧に幻覚作用があることを知り、警戒感を強めてゆく。敵の狙いが三尾であることを知るカカシは、想定外の事態に綱手の判断を仰ぐことに。

幽鬼丸を探して霧の中に入ってゆくナルト。動けない幽鬼丸を守るべく、警戒を強める紅蓮。幽鬼丸を巡り両者が相対する、その一触即発のギリギリの緊張を打ち破ったものとは…？

木ノ葉より増援部隊が到着した。綱手より下された新たな任務は「三尾を誰の手にも渡らぬよう封印すること」と「尾獣に関わる能力を持つ幽鬼丸を保護すること」。

三尾を封印したい木ノ葉側と、何としても阻止したい紅蓮側。シズネたち封印班と、それを護衛するヤマト班とカカシ班。それぞれの元にリンジ班、紅蓮班が現われた時、遂に再戦の幕が上がる。

三尾封印のための結界四方封陣を守るべく紅蓮との死闘を繰り広げるカカシとナルトだが、紅蓮の圧倒的な晶遁の威力に劣勢に追い込まれる。一方、遂に三尾の居場所を探し当てる封印班たち。

幽鬼丸の力を使って三尾を暴れさせ、内側から木ノ葉の結界四方封陣を破ろうと考えるカブト。カブトに弱みを握られ、逆らうことができない紅蓮だが、もう一度だけチャンスをくれと進言する。

怒れる三尾から紅蓮の身を守ろうと、限界を超えた力を発揮する幽鬼丸。しかし幽鬼丸が力尽きるのと同時に解き放たれた三尾は己を操る幽鬼丸に怒りをぶつけ、亡き者にしようと攻撃を加える。

共闘の果てに三尾に飲み込まれてしまったナルトと紅蓮。そこはどこまでも鍾乳洞が広がる異様な世界だった。一方、幽鬼丸を保護するも、ナルトの姿を見失ってしまった木ノ葉の仲間たち。

ナルトが三尾の中にいると聞かされる木ノ葉の仲間たち。幽鬼丸の感覚を信じるしかないカカシたちは導きに従い、救出作戦を試みる。その頃、三尾の内部ではナルトと紅蓮が窮地に陥っていた。

目覚めてしまった三尾に対抗するため、再び結界四方封陣を試みることに。危険な場所から幽鬼丸を遠ざけようとするサイだが、ヌラリ、キホウ、キギリの奇襲を受け、幽鬼丸を奪われてしまう。

幽鬼丸の全ての力と命を使い切り、三尾に木ノ葉を叩かせようと目論むカブト。三尾の凄まじい力に封印を破られそうになるシズネたちの危機を救った意外な存在とは。

大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸とともに、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られた麟児がその前に立ちはだかる。

昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。任務続行は不可能と判断した綱手は、皆に帰還命令を出す。その夜、幽鬼丸はひとり姿をくらましてしまう。

アジトでもがき苦しむ大蛇丸。その肉体を永らえさせるにはもはやレベル10の薬が必要だった。しかしやまぬ激痛の中、転生への気力を漲らせる大蛇丸。

古き肉体を脱ぎ捨て、白大蛇の姿と化す大蛇丸。サスケの肉体を得ようと襲い掛かる大蛇丸の脳裏に、両親の墓前で見た白蛇の抜け殻の思い出がよみがえる。やがて始まる、「転生の儀式」とは…!?

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男・水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒にくるようにとのサスケの申し出を受け入れない。そして水月はある条件をサスケに出して…!?

南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、囚人が逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。サスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえる。

次なる同行者、重吾を連れにいくため、北アジトに向かうサスケたち。重吾は異常な殺人衝動を持つ忍で、大蛇丸の呪印の元となる酵素を持つ、唯一のオリジナルだという。アジトに辿り着くと…!?

重吾の元に辿り着くサスケ。しかし重吾は連れ出されることを断固拒否する。絶対にアジトを出ないと、頑なに心を閉ざす重吾だが、湧き上がる殺人衝動に身を任せ、サスケとの戦闘に突入してゆく。

十数年前、忍五大国の統治が揺らぎ、第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影であるミナトの小隊に属するカカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンとともに、神無毘橋での任務に赴く。

岩忍に攫われたリンを救出すべく、任務続行を主張するカカシと別れ、ひとり敵のアジトに向かうオビト。だが敵に動きを察知され、返り討ちにあったオビトを救ったのは、駆けつけたカカシだった。

四尾を狩り終えたイタチと鬼鮫を呼びつける“暁”のリーダー。一堂に会したメンバーたちに、リーダーは大蛇丸の死と、それを倒したサスケが今後“暁”を標的に動き出すであろうことを忠告する。

カカシの指揮の元、イタチの探索を開始する木ノ葉。一方、サスケ率いる「蛇」の面々もまたイタチの情報を集めるため動き出していた。時を同じくして、目標に向け動き出すデイダラとトビ。

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。サスケの能力を確認したデイダラは、ドラゴンで上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆく。サスケは空に逃れて攻撃をやりすごそうとするが…!?

イタチへの敗北感から、写輪眼崩しに執念を燃やすデイダラは、遂にイタチを倒すための大技「C4カルラ」を炸裂させる。それは、あらゆる生物を内側から破壊しつくす脅威の攻撃だった。

デイダラの自爆に巻き込まれ、消息を絶つサスケ。サスケの異変に気づいた重吾、香麟、水月は急ぎサスケの元に向かう。一方、探索を続けるナルトたちも巨大な爆発に気づいていた。

木ノ葉の追っ手の存在を察知した香麟の報告により、サスケたちは急ぎ宿を後にしていた。そんな中、多重影分身の術で手当たり次第にサスケを探そうとするナルトの前に、うちはイタチが現れる。

時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、時空間忍術修業にのめりこむうちに妙木山に迷い込んでしまう。幼少ガマブン太とともに大蝦蟇仙人に謁見した自来也は…!?

第三次忍界大戦勃発のため、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸とともに雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により「木ノ葉の三忍」の名を与えられ…!?

雨隠れへの潜入を果たす自来也。里人たちは前の里長、山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。半蔵の所在とペインの情報を求める自来也は、下忍を拘束し、尋問する。

戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍のひとりをガマ五郎に託し、自分は偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。

歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒すため、戦闘に突入する自来也。巨大蝦蟇ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗する。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、「仙人モード」を使うことを決心し…!?

仙人モードを完成させ、３人のペインとの戦いに突入する自来也。２大仙人、フカサクとシマとともに攻撃を繰り出すも、忍術は消し去られ、体術もペインたちの謎の連携によって阻止されてしまう。

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる６人のペイン。うちひとりはかつての自来也の教え子、弥彦だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。

イタチを追いかけるサスケは“暁”のアジトのひとつに到達していた。仲間たちを残し、潜入を試みるサスケの前に、遂に兄のイタチが姿を現す。しかしそれは幻術によるものだった。

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、２人は因縁の兄弟対決へと突入する。

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、うちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。

力ずくで「月読」を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチはさらなる強力な瞳術「天照」でサスケを迎えうつ。

イタチに最後の大術「麒麟」を放つサスケ。雷による絶対不可避の攻撃を受けるイタチだが??その体は謎の術「須佐能乎」によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。

ナルトたちはトビによる足止めに手を焼かされていた。幻すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結したことを告げるのだった。

“暁”のアジトにてマダラと対面するサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者であることを明かし、「イタチの真実」について語ろうとする。極度の疲労状態の中、新たな情報に混乱するサスケ。

うちは一族はクーデターを企てていた？ マダラが語る信じがたい話に、絶句するサスケ。その優秀さゆえに、木ノ葉とうちは一族の間に板ばさみになったイタチは、地獄のような日々を送っていた。

「天照」の炎が残る戦闘の跡地で懸命にサスケの捜索を続けるナルトたち。しかし探索チームの能力を持ってしても痕跡を見つけることはできず、カカシは里への引き上げを決める。

“暁”と手分けして尾獣を狩るため、雷の国の雷雲峡にて八尾のキラービーと対峙する「鷹」の面々。尾獣のチャクラをまとう特殊攻撃に、瀕死の重傷を負ってしまうサスケは窮地に立たされるが…!?

ヤマトを隊長にした第七班に、火急の護衛任務が入る。それは先の 大戦後に三代目火影と土蜘蛛一族の役の行者の間で交わされた、 ある盟約によるものだった。

土蜘蛛一族の役の行者の孫娘、ホタルを警護するナルトたち。しかしホタルはナルトたちと交代する形で別れたウタカタに未練を残していた。ウタカタに弟子入りしたいと願うホタルだが…!?

土蜘蛛一族の里に到着し、ナルトたちと別れたホタル。しかしそこにはすでにマガキ衆の手が回っていた。禁術を渡すように迫られるホタル。絶体絶命のその時、現れたのはウタカタだった。

相手が霧の追い忍と悟り、ためらうヤマトとサイ。しかし問答無用でナルトは戦闘に突入してしまう。霧隠れの追い忍たちはホタルと引き換えにウタカタの身柄を要求するが、ヤマトは拒否する。

土蜘蛛の禁術がホタルの背中に埋め込まれていることに憤り、遁兵衛に詰め寄るナルト。遁兵衛は、孫の身を案じた役の行者が、ホタルから禁術を抜く術を残していったことを明かす。

シラナミの言葉を信じ、ウタカタへ別れの手紙を残して葛城山を後にするホタル。一方、シラナミを探すナルトは、マガキ衆の罠に捕らわれてしまうが、ウタカタが現れ、辛くも難を逃れる。

サクラ、サイ、ヤマトの活躍により、土蜘蛛の里への潜入を果たしたナルトたち。自然界のチャクラが不穏な動きをするのに気付いたウタカタは、ナルトとともにその中心地である洞窟に乗り込む。

シラナミに操られ、ナルトとウタカタに禁術を向けてしまうホタル。その力に歓喜するシラナミの傍らで、ホタルは深い絶望に捕らわれていた。完全に心を閉ざしたホタルは禁術を暴走させてしまう。

任務から帰ったナルトはイタチとの遭遇時に起こった不可解な出来事を回想していた。既に死んだとされるイタチが何を言いたかったのか。

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…!?

自来也の遺した暗号の解読に取り組むナルトたち。ナルトが持っていた情報をきっかけとして、ついに自来也の遺したメッセージにたどり着くナルトたち。さっそくフカサクを呼び出すが…!?

妙木山にて、フカサクより仙術の修業を受けるナルト。その第一の課題は「動くな」と言うものだった。自然エネルギーを取り込むには膨大な時間がかかるという。

妙木山にて仙人修業を続けるナルト。しかしなかなかはかどらない修業に業を煮やしたフカサクは、ナルトに次なる修業を提案する。それは若き日の自来也もこなしたという過酷な修業だった。

自来也が持ち帰った情報の解析を待つシカマルたち。情報解析を進める木ノ葉の面々だが、その時、里の各地で異変が起きる。白昼堂々、木ノ葉の結界を破ってペイン六道が襲撃を開始したのだ。

ペインと小南の攻撃にさらされる木ノ葉の里。襲撃の報を受けた綱手は、フカサクに連絡を取ろうとする。しかしダンゾウに炊きつけられたご意見番のホムラとコハルはナルトを呼び戻すことに反対する。

里の一角でペイン天道との戦いに突入するカカシ。しかし天道の不可思議な攻撃を前に苦戦を強いられる。さらにそこに修羅道が加わり、2対1の不利な戦いに追い込まれていくが…!?

暁の猛攻にさらされる木ノ葉の里。その地下ではダンゾウが己の野望のため、行動を開始していた。一方、情報部にて雨忍の脳内を探っていた山中いのいちは、重大な情報をつかもうとしていた。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務「人々を安全な場所に誘導する」を果たすため、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが…!?

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。

異変を察知し、フカサクとともに妙木山から駆けつけるナルト。しかしそこで目にしたのは原形をとどめることなく破壊しつくされた木ノ葉の里の姿だった。あまりに甚大な被害に我を忘れる綱手だが…!?

仙術により完成した風遁螺旋手裏剣を叩きつけるナルト。ペイン人間道を倒すことに成功するが、残りの複数のペインたちがナルトの前に立ちはだかる。シカマルら仲間たちはナルトの戦いに気づくが…!?

ガマブン太たちが倒され、ついにペインに押さえ込まれてしまうナルト。仙人モードで対抗しようとするが、餓鬼道にチャクラを吸収され、仙人モードを強制解除されてしまう。

フカサクが倒され、シマが倒され、ついに天道によって完全に捕らわれてしまうナルト。絶体絶命と思われたその時??天道の前に躍り出たのは、白眼で戦いの行方を見守っていたヒナタだった。

目前でヒナタを倒された衝撃に我を忘れるナルト。かつてない怒りが引き金となり、九尾のチャクラが大暴走を始めてしまう。カツユを介し、ナルトの九尾化を知る仲間たちだが…!?

精神世界にて、四代目火影・波風ミナトと遭遇するナルト。ミナトはナルトが八本目の尾まで封印を解除すると意識の中に出てくるよう、あらかじめ細工をしていたのだという。

憎しみの連鎖を断ち切るため、ペインの本体の居所を目指して駆けるナルト。だが途中、シカクといのいち率いるペイン探索隊に遭遇してしまう。ナルトの主張に驚愕し、反対するいのいちだが…!?

時はさかのぼって中忍試験本戦前。来るべき試合に向けて修業に励んでいたナルトは自来也の口から「四代目の遺産」という謎の言葉を聞く。どうやらそれは四代目が残した究極の忍の極意のことらしい。

四代目が残した記録を破り、極意を入手するため、襲い掛かる難題に挑んでいくナルトたち。しかし先を急ぐナルトの行動は仲間たちに度々ピンチを招いてしまう。

辿りついたナルトを迎える、長門と小南。世界にはびこる憎しみとどう向き合うか??長門の話を聞いてから、その答えを出すというナルトの言葉に応じる長門は、静かに過去の出来事を語り始める。

弥彦の夢を叶えるため、戦地を潜り抜け、自来也の元に辿りつく長門、弥彦、小南。自来也の元で成長した3人は弥彦をリーダーに据え組織を立ち上げ、武力に頼らない平和を構築しようと活動を始める。

長門の語る痛みの記憶に圧倒され、ただ俯くナルト。この呪われた世界に本当の平和など存在しない、自来也の言葉は全て虚構だと切り捨てる長門は、ナルトに投げかけた問いの答えを促す。

ナルトの選択に共感し、全てを賭けると決めた長門は最後の大術「外道・輪廻転生の術」を放つ。それは長門の命と引き換えに、この戦いで命を落とした忍たちの魂をこの世に呼び戻す、禁断の術だった。

ペイン戦で瓦礫の山と化してしまった木ノ葉の里。復興のため、アカデミー跡地を片づけようとするイルカは、校門前にあったブランコのついた木が無事であることに気づく。

優等生のサスケに噛みつき、逆にクラスの笑いものになるナルト。しかしイルカは自分の両親を奪った16年前の九尾襲撃事件のトラウマから、ナルトに教師としてうまく接することができないでいた。

木ノ葉の森では昨晩、他国の忍との戦闘があった。まだ森が危険な状態にあるとも知らず、ナルトはクラスメイトたちの「仲間」に入れてもらうため、忍者の死体から戦利品を奪おうと森に入ってしまう。

ペイン戦直後、火の国の大名殿では、大名の前にご意見番、ダンゾウ、シカク、などの重役が集まり、木ノ葉の里復興のための会議が行われる。ダンゾウは新たな火影を選出すべきと提案するが…!?

手分けして、里の復興作業に取り掛かる忍たち。ヤマトの木遁忍術で更地に建物を建築してゆくも、再生までの道のりは遠く思えた。そんな中、ナルトとサクラは懐かしい人物に遭遇する。

イナリ、タヅナと久々の再会を喜び合うナルトとサクラ。2人は波の国の任務のすぐ後に巻き込まれたある出来事を思い出す。約3年前にあったその出来事とは…!?

木ノ葉壊滅の報は砂の国にも届いていた。自国に有事が起こった場合に備え、ひとり黙々と傀儡を仕込むカンクロウ。するとそこに我愛羅とテマリがやってくる。

綱手の看病をしているサクラの元を訪れるナルト。戦いでの疲れを微塵も感じさせないナルトの元気な様子に、サクラは昔里で起きたある騒動のことを思い出す。

里の復興のため、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す2人は、研究所を訪れた時に起きたある事件のことを懐かしく思い出す。

とある森の中、子供ダチョウを前に立つ風格ある1羽のダチョウ？ 名はコンドル。コンドルはかつてナルトたちが捕獲したダチョウ。しかし修業を重ねたコンドルは人語を操る忍ダチョウに成長していた。

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特性青春ドリンクを飲み干してしまう。

里を抜けたサスケを取り戻すため、自来也とともに修業の旅に出たナルト。写輪眼が得意とする幻術への対抗策を身につけさせようと考える自来也は、昔世話になった村へナルトを連れて行くことに。

村は雨隠れの半蔵の右腕であった忍、カンダチによって人質を取られた。村を救おうと立ち上がるナルトと自来也だが、雨忍の報復を恐れたタニシがナルトたちの正体をばらし、作戦を台無しに。

猫科の肉球スタンプを集めた書『肉球大全』を完成させるため、サスケたち第七班に最後の1枚を取ってくるよう依頼する武器商人の猫バア。Dランク任務のため、カカシ抜きの七班が任務に向かうが…!?

時は里が木ノ葉崩しを受けた直後の頃。虎視眈々と里を狙う他国の忍たちへの牽制のため、ナルトは上忍ハヤマの隊に参加し北の国境パトロールに赴くことになる。

任務帰りのナルトたち第七班は、暗部に引っ立てられて行く美しい女性を目撃する。名はハナレ。女芸人に扮して木ノ葉の情報を探ろうとしていたくノ一だという。

中忍試験本選の最中、ナルトに敗北したネジは医務室で傷を癒していた。気遣ったテンテンが見舞いに訪れたその時??大蛇丸による木ノ葉崩しが勃発する。

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが…!?

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻すため、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。

長年盗賊弾の被害に悩まされているとある村に派遣される、第七班と第十班の面々。断崖にあり、天然の要塞と化した盗賊のアジトを叩くため、上忍のカカシとアスマは潜入ルートの確保に出向く。

サスケはナルトとの対立を深めつつあった。このままでは任務に支障をきたしかねないという綱手の判断で、サスケとナルトに別々の任務を与えて、冷却期間を設けることに。

崩壊した木ノ葉の様子に唖然とする雲隠れのサムイ小隊。雷影より預かった書状を火影に渡そうとするが、現れたダンゾウは自分が新たな火影であると告げ書状を受け取る。

雲隠れのカルイ、オモイに連れられ、サスケについての情報を渡せと迫られるナルト。2人が師匠を想う気持ちに打たれ、情報を渡すことを了承したものの、仲間を売ることはできないと思いとどまる。

各里の人々に見送られ、五影会議へと旅立つ五影たち。議場へと向かうダンゾウは道中、謎の忍の襲撃を受ける。戦闘でこれを殲滅するダンゾウは今回の会談を成功させ、足場を固めようと考えていた。

雷影と対面するナルト、カカシ、ヤマト。サスケ抹殺に始まる復讐の連鎖を食い止めるべく、土下座してサスケへの処分撤回を嘆願するナルトだが、雷影はまったく取り合わなかった。

木ノ葉の里ではサクラの元をサイが訪れていた。告げられたナルトの行動に驚くサクラに、サイはサスケ同様、サクラもまたナルトを苦しめているのではないかと問いかける。

突如、ナルトの前に現れたマダラ。カカシとヤマトは戦闘に突入するが、ナルトに興味が出てきたと語るマダラは、ナルトたちにイタチの身に起きた真実を語り始める。

マダラからイタチの真実を聞かされ、茫然とするナルトたち。更にマダラは伝説の六道仙人とその後継者である2人の息子に端を発する、永劫に続く憎しみの呪いとうちは一族の関係を明かすのだった。

我愛羅、テマリ、カンクロウ、ダルイによる総攻撃を「須佐能乎」で防ぎ、フロアを破壊するサスケ。感知能力を持つ香燐を引きつれダンゾウのいる会場を目指すが、ダンゾウ一行は会場から姿を消す。

突如、目の前に現れたうちはマダラに驚く4人の影たち。マダラは救い出したサスケを時空間忍術で隔離すると、自らが掲げる「月の眼計画」の詳細について語り始める。

マダラの宣戦布告を受けた影たちは雷影を長とし、忍連合軍を結成。早速、大名の承認を求めることになる。その頃、鉄の国の宿屋ではナルトの元にサクラたち一行が到着していた。

八尾入手のためにやってきた鬼鮫との死闘を繰り広げるキラービー。尾獣のチャクラをまとい戦うが、大食いの鮫肌は次々とビーのチャクラを喰らい、刀身を巨大化させてしまう。

サイの墨分身からサクラが言えなかった真実を聞くナルトたち。サスケを想うが故に、ひとりでサスケを殺すことを決意したサクラの壮絶な覚悟にナルトはただ絶句する。

風影たちからの情報を受け、今後の行動を決めるカカシたち。カカシがサクラを止めに向かい、ヤマトとナルトは先に里に戻ることになるが、苦悩するナルトは過呼吸の発作を起こし、倒れてしまう。

攻撃が通じない、ダンゾウの不可思議な術に翻弄されるサスケ。途中ダンゾウの呪印に動きを封じられるも、須佐能乎を完成させ、さらなる攻撃を仕掛ける。

ぶつかり合い、互いに刺し違えたかのように見えたサスケとダンゾウ。勝負はイザナギを使うダンゾウの勝利に見えたが、ダンゾウは一瞬の隙を突いたサスケの幻術に落ちていた。

サスケの行方を捜すサクラたち。鋭い嗅覚でサスケの居所を突き止めるキバ。するとサクラは皆を眠り玉で眠らせようとする。サクラが始めからサスケを1人で倒す気でいたことを知り、憤るキバとリー。

過呼吸の発作から、宿での休息を余儀なくされるナルト。友としてサスケにすべきことはなんなのか。じっと考え込むナルトの脳裏に、少年時代から続く、さまざまな出来事が思い起こされる。

サスケの元に辿りつき、サスケに同行して里を抜けると宣言するサクラ。サスケは「自分の望みは木ノ葉を潰すこと」と伝えた上で、瀕死の香燐に止めをさしたならサクラの行動を信じると提案する。

サスケからサクラを奪い返すナルト。サスケの行動をとがめるナルトに、サスケは自らの手でダンゾウを殺めたと告げる。一族を穢した木ノ葉を殺しつくし、うちはを浄化すると宣言するサスケ。

「一流の忍同士なら拳を交えただけで互いの心の内がわかる」かつて週末の谷でのサスケの言葉のままに、サスケの心の内を読み取るナルト。それはサスケも同様だった。

雷影に連れられ、雷の里に帰還するビー。感涙するオモイとカルイと久々の対面を果たす。ビーに懐き、側を離れようとしない鮫肌だが…、その行動の影には暁の思惑があった。

中継会談で忍連合軍を承認する五大国の大名たち。影たちはそれぞれの里へ帰還し、すぐさま戦争の準備へと動き出す。上役たちに召集をかけ、これまでの経緯を説明する我愛羅。

サスケは1人で倒すと宣言するナルト。釈然としない仲間たちだが、ナルトはそれ以上を語らない。そのころ、カカシは火影不在の事態を打開するため、木ノ葉の上役から火影就任の打診を受けていた。

妙木山にて、自来也より託された四象封印の鍵をどうするべきか話し合う、ガマ寅、フカサク、大ガマ仙人。鍵であるガマ寅がナルトに蔵入りするのが自来也の遺言ではあったが…!?

妙木山にて予言を受け、ガマ寅を自分の中に蔵入りさせるナルト。しかし不安を覚え、手を止める。九尾のチャクラには憎しみの塊である九尾の意志がついてくるもので、制するのは容易ではない。

綱手より第四次忍界大戦の開始が近いことを告げられるサクラ。迫り来る戦争の気配を察しているチョウジに、開戦が近いことを告げるシカマル。

「人柱力を隠す」という作戦をナルトに気取られぬよう、建前上ナルトに極秘任務を与えて旅立たせる綱手。予言のタコ探しに胸を躍らせつつ、ヤマト、ガイ、アオバとともに船旅に出るナルトだが…!?

なれない船旅のせいで船酔いになってしまったナルト、ヤマト、ガイ、アオバの一行。特にひどいのはガイで、一行はひとまず付近の無人島に立ち寄ることにする。

濃霧のためにナルトたちが乗る船は、海上で立ち往生を余儀なくされていた。一行は、なぜか怪談話で盛り上がるが、お化けや幽霊の話が大嫌いなナルトは、強がってはみるものの怖くてたまらない。

航海の途中、突然、砲撃にさらされるナルトたちの船。砲撃は巨大な戦艦を思わせる島からのもので、そのあまりの激しさについにナルトたちの船は大破してしまう。

相変わらず船酔いがひどいガイが、飛んできた巨鳥に連れ去られた。ガイを助けるため、巨鳥が飛び去った方向にある島へと上陸するナルト、ヤマト、アオバ。

それは昔、ガイの愛弟子・リーが、必殺技・裏蓮華を習得したお祝いをした翌日のことだった。あまりの喜ばしいできごとに、ハメをはずして飲みすぎたガイは、途中から記憶をなくしていた。

水と食料の補給のため、ナルトたちの船はとある港に立ち寄った。ヤマトの指示で食料調達に向かったナルトは、そこでひとりの野菜売りと出会い、すすめられるまま珍しいキノコを買う。

嵐に翻弄されているナルトたち。ナルトは影分身を動員して膨大な仕事を片付けていくが、散々いいようにこき使われ、挙句上から目線の本体ナルトの態度に、影分身たちの不満が一気に爆発。

仲間の命を預かる責任を重く感じるシカマル。その考えを見透かしたように、シカクはシカマルを遠方の任務に送り出す。それは航路の途中の藻屑島にてナルトたちと合流し、物資を補給する任務だった。

日向一族の集まりに召集されるヒナタ。当主のヒアシは第四次忍界大戦に向けた一族の体制について説明する。ヒアシは後詰め、前線ではネジが一族を纏めるよう指示するヒアシ。

海からはなれ、久しぶりに陸を進むナルト、ヤマト、ガイ、アオバの前に「木ノ葉隠れのうずまきナルト」を名乗る盗賊が現れた。しかしその見た目は当のナルトには似てもに似つかない。

大戦を前に、木ノ葉隠れの里は準備に追われていた。緊張感の高まる里の様子にいつになく気持ちがたかぶり、自分も先輩忍者たちとともに戦場で敵と戦い手柄を立てようと意気込む木ノ葉丸。

とある港に辿り着いたナルトは、女性ばかりの忍者の里・撫子の里の次期里長・シズカとその従者・トキワと出会う。聞けば2人は自来也の弟子を探しているという。

忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話す。シノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。

大戦に備え、リーの八門遁甲を強化する修業につき合うテンテン。テンテンが放った金属人形を持ち上げるべく、滝つぼに飛び込むリーだが、なかなか水面に浮上してこない。

束の間の休息に、復興途中の里の散策をするサイ。壊れた民家に咲く見事な梅の花に誘われ、敷地内に入って行くと、縁側に詰まれた古い白地の襖が目に入った。

偶然出くわした子供たちのけんかを、見事な連携で止めるいの、チョウジ、シカマル。すると一部始終を見ていた老下忍のコスケが3人の連携を褒める。

ナルトとの差に、歯がみするキバ。差を縮めるべく赤丸とともに修業に励むが、なかなか成果が出ない。思い余って、通りかかったカカシに修業を願い出るが、生憎カカシは所用に追われていた。

最後の補給地を前に、旅の終わりが近いことを感じるナルトたち。ここまで来ればもう安心だと安堵するガイとアオバだが、油断は禁物だと注意を促すヤマト。

水の国領内の小島にて最後の補給を行うナルトたち。同じ頃、土隠れの赤ツチと黒ツチは水影宛の書状を携え、土影の使者として同じ島に降り立っていた。

ナルトたちは目的の島にたどり着いた。大ガマ仙人の予言のタコに会えると大喜びのナルトだが、島に到着して早々、現れた化け物イカにナルトが捕らえられてしまう。

モトイから、今のままでは尾獣を操るための修業に進むことができないと聞かされたナルトは、何かのヒントになるかもしれないと、キラービーについて詳しく話を聞くことにする。

キラービーという新たな師匠を得たナルトは尾獣の力をコントロールするための修業に取りかかる。真実の滝の奥の遺跡に来たナルトは尾獣と対話できるシステムの領域で、自らに封印された九尾と対峙。

九尾の力をコントロールするため、自らの精神世界で戦いを繰り広げるナルト。それを現実世界で見守るキラービーとヤマトは、ナルトに現れた変化に焦りを隠せないでいた。

時はさかのぼり、木ノ葉隠れの里の長が、四代目火影だった頃。四代目火影・ミナトとその妻・クシナの間には、子供が生まれようとしていた。だがこの出産は、喜びと同時に大変な危険が伴う。

「仮面の男」に生まれたばかりの息子・ナルトを人質に取られ、強引に「飛雷神（ひらいしん）の術」で別の場所へと移動させられたミナトは、安全な場所にナルトを避難させ、クシナの元へと急ぎ戻る。

里への被害を最小限に抑えるため、自らの時空間忍術を使い、九尾ごと別の場所へと移動したミナトだったが、使えるチャクラは残り少なくなっていた。

ナルトが九尾のチャクラをコントロールするための修業に挑んでいることを聞いたガイは、自分も何か手助けできないかと真実の滝へとやってきた。

ガイとの激闘の末、ついに捕らえられた鬼鮫。アオバはその鬼鮫から“暁”の情報を抜き取ろうと記憶の中へと入り込む。かつての鬼鮫は、霧隠れの里で、仲間殺しなど裏の仕事をこなしてきた。

木ノ葉隠れの里で出会ったナルトに希望を託し、長門と弥彦の亡骸とともに、故郷である雨隠れの里に戻った小南の前にマダラが現れた。マダラは、力を得るために長門の輪廻眼を狙っていた。

やっとのことで追い詰めたものの、禁術を使い致命傷を免れたマダラに衝撃を受ける小南。その時ふいに、奇跡のような光景が目の前に広がる。やむことのなかった雨隠れの雨がやみ、美しい虹が現れた。

鬼鮫に情報を盗まれ、自分たちの居場所が特定されてしまうと危惧するヤマトたち。ナルトとビーを移動させたいが、“動物たちの生態調査の極秘任務”として騙している以上、外に出す訳にはいかない。

ヤマトたちがいる場所は、雲隠れが昔から飼っている島ほどもある巨大な大亀だった。その甲羅の中で、S級任務だと思い込み生態調査を続けるナルトだが…。

ナルトを守り抜いた土影たちだったが、ヤマトが敵の手に捕らえられてしまう。外のことが気になり始めるナルトだが、ビーの機転により、尾獣のチャクラコントロールの修業に集中し始める。

ナルトとサスケが出会った頃。ナルトには両親がおらず、里の人々から九尾の化け狐と毛嫌いされ、孤独な日々を送る。一方サスケも、両親を殺した兄、うちはイタチへの復讐を胸に、孤独な日々を送る。

ケンカばかりのナルトとサスケだが、死の森での中忍試験では力を合わせ合格を目指す。しかし強敵、大蛇丸を前に足がすくんだサスケは、信じられない力を発揮して戦うナルトを見て焦りを感じる。

サスケは仲間のために尾獣化した我愛羅と戦うが、力でも憎しみの強さでも太刀打ちできなかった。さらにイタチが現われ復讐に燃えるサスケだが、まったく歯が立たず…!?

木ノ葉を抜け、大蛇丸の元へ向かってしまうサスケ。仲間だと信じ、命がけで助けようとサスケを追いかけるナルト、シカマル、チョウジ、キバ、ネジの5人だが…!?

それぞれの想いを胸に、テラスの上に立つ各部隊の隊長たちを見つめる戦闘大連隊の8万もの忍たち。潜入偵察小隊がマダラのアジトを監視する中、穢土転生部隊と10万もの白ゼツの大軍が出撃する。

上空から敵の領地内に入ったカンクロウを隊長とする奇襲部隊のサイやオモイたちは、森の中に本拠地を設営する。潜入偵察小隊は“暁”側の奇襲部隊、デイダラとサソリたちの襲撃を受けていた。

穢土転生部隊との戦いを繰り広げる奇襲部隊のカンクロウやサイたちの前に、蘇ったサイの兄・シンが立ちはだかる。戦いのさなか、サイの絵を見て少年時代を思い出すシン。

九尾チャクラモードのコントロールに慣れてきたナルトは、ビーの指導により人柱力が使う最強の術を覚えるため、尾獣の修業の最終段階を迎えていた。

上空をゆくサイとオモイたちを白が襲撃し、穢土転生で蘇った砂のパクラ、岩のガリ、そして桃地再不斬の血継限界の忍たちが迎え撃つ。窮地に陥るサイたちだが、カカシ小隊とサクラたちが駆けつける。

敵の手の内を読み反撃に出ようとするカカシたちだが、カブトの穢土転生の術により歴代のどの忍よりも強いとされる者から選ばれた霧隠れ忍刀七人衆が出現し暴れまわる！

我愛羅率いる第四部隊が待機する砂漠の一角に、カブトの穢土転生によって二代目土影、二代目水影、三代目雷影、四代目風影の歴代の影を冠する4人の忍が出現する。

海沿いの戦場ではダルイ第一部隊と数百もの白ゼツたちがダルイの放った嵐遁（らんとん）の術を合図に一斉に戦いを始める。

雷影も驚愕する程の金角銀角兄弟が戦闘に加わり、雲隠れの忍のアツイとサムイ、そしてダルイがそれに立ち向かう。

死闘の末、銀角を封印することに成功したダルイだったがそれに激怒した金角が恐るべき姿に変身する。それはまさに九尾化した人柱力の姿だった！

突如、空中から現れて落ちていくサクラ。偶然それを目撃したいのが助けるも、森に落ちた衝撃でサクラは記憶を失う。里のこともナルトのことも忘れているが、イメージだけは覚えているらしい。

森を逃げる奇襲部隊員たちを蘇ったチヨバアと君麻呂、半蔵らが追撃。一気にケリをつけようと半蔵が放った毒をくらい追い詰められるカンクロウだが第五部隊の侍と侍頭領ミフネが助太刀に現れる。

いの、シカマル、チョウジたちの目の先には忍連合の忍と戦うかつての師・アスマの姿が。アスマの元部下でありアスマなら誰よりも知る猪鹿蝶に一番勝機があると見たシカクは3人に過酷な指令を下す。

アスマに叱咤激励され勇気を振り絞り殴りかかろうとするが、戦意を喪失し攻撃することができないチョウジ。自分はまさに今変わらなきゃいけないと決意したチョウジは…？

チャクラを遮断する部屋で修業をしているにもかかわらず、ナルトはチャクラモードにより金角の九尾のチャクラを感じ取った。部屋から出ようとするが意外な人物・イルカがそれを止めようと現れる。

ナルトが外に出てきたことを知ったマダラが動き出す！ 戦場ではダンを結界に閉じ込めることに成功。さらにヒザシや角都も打ち倒すことができ封印するだけの状態となった。

戦場に向かう森を駆け抜ける九尾チャクラモードのナルトとキラービー。精神世界の九尾がナルトに話しかけ「お前が本当に皆の憎しみを消し、受け止めることができるのか」とナルトに問い詰める。

医療部隊テントのサクラとシズネは戦場で負傷した大勢の忍たちの治療に追われていた。そんな医療部隊の元に白眼を使いすぎ、力を使い果たしたネジがやってくる。

キバ、シノ、ヒナタたちのいる部隊にも白ゼツが現れた。部隊の周囲には結界が張られ簡単には侵入できないはずだが、近くの炭鉱で結界が漏れている場所があるらしい。

夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたまま。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチによりデイダラはサスケが死んでいないことを知らされる。

第四次忍界大戦により忍たちが出払ってしまった木ノ葉の里では、木ノ葉丸が里の留守を守ろうと躍起になっていた。しかし、里に残った母親たちはいつも通りにしていればいいと言う。

戦場へと走るナルトとビーの前に、二人を止めるため綱手と雷影が現れる。ナルトを行かせてやってくれと雷影を説得するビー。皆が死んで自分だけ生き残っても意味がないと自分の思いをぶつけるナルト。

ナルトを行かせまいとする雷影との戦闘が始まってしまう。しかし、綱手はナルトを行かせることを決意し、ビーはブラザーからもらった捨てられない言葉がある限りマダラにやられはしないと訴える。

夜が訪れるとともに姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。

忍刀七人衆を撃破するために分散した小隊の一つ、オモイと封印班のマキがいる部隊はかつて大刀“鮫肌”を扱った西瓜山河豚鬼と爆遁の使い手・ガリと遭遇してしまう。

ナルトと綱手が厚い信頼で結ばれていると感じたビーは、そのいきさつが気になっていた。一方、本部へと戻る雷影もまた“私はナルトに賭ける！”という綱手の言葉にあることを思い出す。

雷影の部下・カライが敵の忍術により命の危機に陥ってしまった。早く治療しなければ爆発してしまうが、アマイの医療忍術では治すことができない。

カカシ第三部隊に忍刀七人衆が襲いかかる！ 七人衆が現れたとの情報をうけ、その場に駆けつけたカカシの目の前に長刀“縫い針”を操る栗霰串丸と、爆刀“飛沫”を振り回す無梨甚八が立ちはだかる。

忍刀七人衆、雷刀“牙”の使い手、林檎雨由利がオモイの部隊に迫り来る！ 雨由利の攻撃で仲間のユルイを殺されたオモイは反撃に出ようとするが、部隊を指揮するヌルイは許さず撤退命令を出す。

ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、制裁を与えよ”というものだった。

村で調査を進めるナルトたちの前にカブトが現れた。穢土転生の術でデイダラや木ノ葉の忍・ハヤテが襲ってくる中、カブトを捕まえようとナルトたちは奮闘するのだがからくも逃げられてしまう。

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りすることに。ナルトと子供たちは一緒に過ごし仲良くなっていくが、村の襲撃で親を亡くした彼らは泣きだしてしまう。

ナルトの体の中から出現したのは、九尾化したナルトのクローンなのか!? それを操ろうとするカブトは九尾のチャクラが手に入ることに歓喜し、クローンは「力」を求めて空気が振動する程に咆哮する！

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その2人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産「さえずり」と、その鍵となる「音」。

伝承にあった「天の矛」が出現し、世界を滅ぼす「力」を放出し始めた。その「力」によりクローン九尾はさらに凶悪な姿へと変貌し、強大な「力」で大地を抉り「ホール」を破壊する。

ナルトは雷影の説得に成功し、いよいよ戦場へと向かって動き出した！ 誰に変化しているのか分からない白ゼツに対処するにはナルトの感知能力に頼るしかない。

歴代影たちを引き付けていた我愛羅第四部隊の戦いが始まる！ その1人、我愛羅の父である四代目風影は息子が風影になったこと、そして忍連合の連隊長を務めていることに驚愕し…。

戦場へと進むナルトとビーの前に、穢土転生体であるイタチと長門（ナガト）が現れた！ 九尾の力をコントロールするナルトの姿に成長を感じる2人だが、カブトの術により戦闘を始めてしまう。

最強幻術“別天神（ことあまつかみ）”の力によって、イタチは穢土転生の術から解き放たれた！ 一方、長門は完全に意識を乗っ取られてしまい、輪廻眼の力でナルトたちに襲いかかる。

歴代影たちと戦う第4部隊。我愛羅の活躍によって二代目水影と三代目雷影を封印するにまで追い詰めたのだが、あと少しの所で破られてしまう。

風遁を駆使して三代目雷影と戦うテマリ。雷遁を使う三代目には風の忍術が有効なハズなのだが、いくら攻撃してもダメージを与えられない。

二代目水影の蜃気楼を破った我愛羅とオオノキ。しかし、これまで協力的だった二代目水影はバトルが楽しくなってきてしまい、さらなる忍術で攻撃してくる。

白ゼツが紛れ込んでいるかもしれないという疑念の中、休息をとるシカマルたち。一方、違う戦場では戦いを続けているネジやキバ。その離れた戦場で同時に意外な敵の忍が現れた。

それぞれの戦場で木ノ葉の面々に倒されてしまった音の四人衆たち。だがそれは、四人衆の作戦だった！ 4人の体が朽ちていくとともに発動した忍術、それは時空術式―黄泉転身（よみてんしん）の術。

四人衆を倒せたとしても結界が解かれることはないと知ったシカマルたち。このままでは命尽きるのも時間の問題だが、いのやシノが必死に肉体にチャクラを送り命を繋ぎとめていた。

戦場で白ゼツと交戦するネジとヒナタ。ネジは死角を突かれ襲わてしまうのだが、そのピンチをヒナタが救う。「ネジ兄さんは私が守る」と気合い充分のヒナタ。

木ノ葉の元暗部・卯月夕顔と死んでしまった中忍試験の試験官・月光ハヤテはかつて恋人同士だった。夕顔はすでに暗部を辞め、今は医療忍者たちが慌しく走り回る医療部隊テントの手伝いをしている。

思いもよらぬハヤテとの再会に戸惑う夕顔だが、敵の情報を誰よりも知っているとして無情にもハヤテを追うよう命令される。追いかけるも脳裏に2人で過ごした思い出が浮かぶ中、ハヤテと対面する。

戦場へと向かい疾走するナルトは、戦闘をする忍連合の忍たちと遭遇する。それはカルイを主とする小隊なのだが相手は穢土転生体の侍、タテワキという男。

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した！ あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。

仮面の男・マダラが新しい忍術、“限定月読”をかける相手をナルトに定めていた頃。木ノ葉の里では各班の面々が任務から帰りクタクタに疲れていた。

次々と素早い人影にやられていく忍たち。そこに駆けつけたガイが見た人影の正体は、穢土転生体のチェン老師という老人だった。見た目は弱そうだが、かつて木ノ葉の英雄と言われた最強の体術使い。

猪鹿蝶の3人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り強烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。

みんなの前に現れた穢土転生体はヨタという少年だった。まだナルトとサクラが知り合うよりも前にヨタは現れ、泣くと雨が降り、笑うと風が吹く天気を操る術でたちまちみんなの人気者に。

ナルトたちはヨタを完全に思い出した。しかし、それは悲しい思い出――子供の頃、ナルトやシカマルたちと仲良くなったヨタだが、敵のスパイだと疑われ里の大人たちに捕まってしまう。

忍連合軍に手駒を減らされたカブトは封印された穢土転生体を取り戻すべく、大蛇丸と各地を回った時に集めた失敗作とも呼べる穢土転生の忍たちを大量に蘇らせ、忍連合軍を数で攻める作戦に出る。

白ゼツと戦い続けるキバたちだが、シノの蟲が何かを感知。キバたちに白ゼツを託し、戦場を離れ感知した場所に駆けつけるシノ。そこには大量の毒蟲を培養し、禁術の準備をするトルネの姿があった。

戦場に向かっていたビーが休憩していると、雲隠れのモトイが合流した。カブトの口寄せ・穢土転生の術により2人の目の前にかつて八尾の人柱力だった忍・フカイが現れ2人の身を案じ逃げろと言うが…。

ミフネとともに戦うカンクロウの前に、穢土転生で操られている傀儡使い・チヨバアが襲いかかる。迎え撃つカンクロウが使う傀儡はチヨバアの孫でもあった“人傀儡のサソリ”。

忍連合本部にオモイが戦場から脱走したと報せが入った。オモイに信頼をよせていた雷影はそのことに動揺し、ともに戦っていた仲間たちにも衝撃が走る。

白ゼツにより各戦場は混乱していた。シカマルの部隊は仲間同士での戦闘を避けるため身動きがとれず、医療部隊では白ゼツの侵入を防ぐため負傷者の治療ができない。

我愛羅やオオノキの目の前に現れた穢土転生体は“うちはマダラ”。本物のマダラが現れたことにより仮面の男は何者なのか…さらに謎が深まりナルトたちが混乱する中、マダラが攻撃を仕掛けてくる！

マダラの力は想像を遥かに超えていた。忍たちは何人も倒れ、オオノキも重傷を負ってしまう。ナルトもチャクラを使い果たし1人では立てる状態ではない。忍たちは戦意を喪失してしまうが…。

五影から勝つことを託されたナルトがついに仮面の男と接触！ ビーとともに戦場を走っていた本体のナルトが仮面の男と対峙するが、穢土転生で操られた人柱力たちが襲いかかる。

ナルト・キラービーの2人と、穢土転生で蘇った人柱力6人との戦いが始まる！ 人柱力の6人はそれぞれ1人でも高い戦闘力を持っている上、輪廻眼で視界が繋がっている強敵。

ナルトのピンチにカカシとガイが駆けつけた！ 2人が増援に来たことで人柱力6人vsナルトたち4人の戦いとなり巻き返しを狙うが、ピンチは続き尾獣化した五尾と残りの人柱力の猛攻がナルトたちに迫る！

四尾こと、仙猿の王・孫（そん）に飲み込まれてしまったナルトは精神世界で孫と対面し、鎖の封印を解く約束をする。しかし「人柱力を信じない」という孫の言葉を聞いていた九尾は…。

孫（そん）に信用してもらうために、鎖の封印を解こうとするナルト。孫の首元にある杭を引き抜けば封印は解けるが、孫は操られているため容赦なくナルトを攻撃する。

見事に鎖の封印を解き、四尾・孫（そん）から信用してもらったナルト。しかし、完全に封印を解くことは出来ず、孫は外道魔像に吸い込まれてしまう。

“暁”側の戦力は一気に減り、戦況は忍連合軍の優勢となっていた。各戦場の忍たちは残党退治を終え、ナルトと仮面の男が戦っている最前線へと向かって移動を開始する。

ほとんどの忍が戦争に駆り出されている木ノ葉隠れの里では、サスケが立ち上げた小隊“鷹”のメンバーの1人・香燐（カリン）が囚われの身となっていた。

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。

綱手だけが使用できる禁術・百豪（びゃくごう）の術を使い、強敵・うちはマダラに挑む綱手。それに続いて雷影、オオノキ、水影、我愛羅の五影たちが力を合わせ攻撃をしかける。

穢土転生の術を止めるため、兄弟であるサスケとイタチがタッグを組んでカブトに挑む！ 2人は強力な瞳術・須佐能乎で攻撃するが、素早い動きのカブトになかなか攻撃を当てることができない。

カブトはサスケを仲間に引き込もうとする。だがサスケは木ノ葉を潰すのは自分の意志だとカブトを否定し、再び戦闘が始まる。カブトにかつての自分を重ねたイタチは自分を見つめ直せと説得するが…。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。

カブトはこれまで自分が何者なのかを知るために、君麻呂や音の四人衆、そして尊敬する大蛇丸の能力と情報でさえも己の中に蓄積して生きてきた。

“イザナミ”は体の感覚によって術中にハメる瞳術で、かつてうちは一族の間で起こった“イザナギ”による都合のいい結果を奪い合う争いを止めるために作られた術だった。

マダラとの死闘を続ける五影たちは、その圧倒的パワーに苦戦するも力を合わせマダラを封印へと追いつめる。しかしマダラは山ほども巨大な“完成体須佐能乎（スサノオ）”を発動し…。

忍連合軍を苦しめた穢土転生の術は、イタチの活躍によって解かれた。それによりナルトに立ちはだかった人柱力たちや、チヨバア、デイダラといった手練の忍たちが次々と光に包まれて消えていく。

サスケと合流した水月（スイゲツ）と重吾（ジュウゴ）。水月が手に入れた巻物を見たサスケは会わなければならない奴がいると言い、大蛇丸（オロチまる）を復活させようとする。

外道魔像（げどうまぞう）は十尾の素体だった。そして九体の尾獣のチャクラを手に入れた今、外道魔像はついに十尾復活へと変化を始める。

仮面の男の能力は“すり抜ける”ではなく、体の一部が時空間へと移動し、あたかもすり抜けるように見せていた。その時空間はカカシの“神威（かむい）”の時空間と繋がっていることに気づく。

仮面の男はかつて、神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだはずのカカシの友・オビトだった！ さらに穢土転生（えどてんせい）の術に逆らったうちはマダラが登場！

神無毘橋（かんなびきょう）の戦いで死んだと思われていたオビトを救ったのは、同じく千手柱間との戦いで死んだとされていたうちはマダラだった。

カカシがリンを殺す瞬間を見てしまったオビトは絶望し、その場にいる忍たちを皆殺しにする。リンの死を受け入れられずオビトは幻術で夢の中に思い通りの世界を作り出すマダラの計画を思い出し…。

かつて自来也の教え子だった弥彦、長門、小南の3人は雨隠れの里を変えようと活動していた。次第にメンバーが増えてきたその組織は“暁”と名乗り、戦で苦しむ地域を回って平和活動を開始する。

木ノ葉隠れの里の未来のため、岩隠れとの和平交渉を阻止しようと暗躍していたダンゾウの言葉によって疑心暗鬼に陥った半蔵は“暁”を壊滅せんと弥彦らを罠にはめるため会合へと呼び出す。

戦争が終結した木ノ葉隠れの里では、3代目火影から引退したヒルゼンとダンゾウとの間で次の火影候補をめぐり意見が割れていた。ダンゾウは大蛇丸を推して権力掌握を狙ったが、4代目火影には波風ミナトが就任する。

ミナトに命じられ火影直属の精鋭部隊・暗部に入隊したカカシは実力を発揮し、暗部の仲間たちからも一目置かれていた。だが、敵に容赦なくとどめを刺す姿から「冷血のカカシ」と呼ばれ、彼の心が闇に染まっていく。

暗部養成組織「根」に加担することになったカカシは、初代火影・柱間だけが使えるはずの木遁忍術を使う少年を目撃。その謎を探るべく3代目火影・ヒルゼンの書斎に侵入し、「柱間細胞」に関する資料を見つけた。

禁術の研究を続けていた大蛇丸は、アジトをヒルゼンに踏み込まれ窮地に陥るが、彼は教え子だった大蛇丸を手にかけることができず逃がしてしまう。そして、カカシを含む暗部たちに大蛇丸を捕まえる任務が下る。

大蛇丸と落ち合う場所はイブリ一族が住む地下に存在する里。名前を持たない少年時代のヤマトは、その里でユキミと出会い、なぜか「テンゾウ」と呼ばれる。イブリ一族は特殊な能力を持ち、大蛇丸はそこに目をつけた。

ユキミはヤマトを弟に重ね、ヤマトはユキミを実験施設にいた少女と重ねる。そして、手を取りあって逃げるヤマトとユキミの姿に、カカシはオビトとリンを重ねた。そんな個々の想いが交錯するなか、大蛇丸が現れる。

数年ぶりに再会したカカシの背後で、テンゾウ＝少年ヤマトはクナイを構えた。「根」の忍であるテンゾウは「写輪眼を手に入れろ」という任務をダンゾウから受ける。しかし、ダンゾウはカカシの写輪眼を狙う。

テンゾウが自分を狙っていると知ってショックを受けるカカシ。その時、突然大蛇丸の研究素材の大蛇がカカシとテンゾウを襲い、大蛇に飲み込まれて絶命する寸前、テンゾウを救ったのは敵であるはずのカカシだった。

「闇」を持つ者には暗部の素質があり、その「闇」をカカシはイタチから感じ取った。そして、暗部で隊長を務めるまでになったカカシの部隊に、補充要員として暗部最年少のうちはイタチが入隊することになった。

うちは一族の信頼を取り戻すため、イタチの親友・うちはシスイが始動する。かつて木ノ葉で起こった九尾襲来事件。写輪眼の瞳術により九尾を操れるため、うちは一族が事件を起こした元凶ではないかと疑われた。

うちは一族が「悲劇の一族」と呼ばれるゆえんとなったあの惨劇の夜が迫る。うちは一族のクーデターの気運が高まるなか、カカシは一族が住む区画を訪れ、以前とは違って一族以外を寄せつけない異様な空気を感じ取る。

下忍の先生をやるようヒルゼンから命じられたカカシは、かつてミナトのもと、オビトとリンたちと行った演習を思い出す。チームワークを見極めるための演習なのに、カカシは任務達成のことしか考えていなかったのだ。

心に闇を抱えたカカシにヒルゼンが担当させた下忍は、ナルト、サスケ、サクラの3人だった。まるでかつてのミナト班のようなメンバーにカカシは戸惑い、「自分には下忍の先生の資格はない」と思うのだが…。

「こんな世界はどうでもいい」と言うオビトと、それに対して怒りを隠せないナルト。両者は戦場で激しくぶつかりあう。オビトを止めるためカカシは自分の想いを伝えようとするが、その言葉はオビトに届かない。

結界を破って現れた、巨大な十尾の力は計り知れず、大地をえぐり、空気を揺らしながらナルトたちに迫る。九尾の九喇嘛がリーダーとなり攻撃を仕掛けるが、どの攻撃でも十尾にダメージを与えることができない。

十尾の動きを止めることに成功したナルトたちと忍連合の者たちが、一斉にオビトとマダラに攻撃を仕掛ける。ところが十尾は突然変形し、尾獣たちとは比べものにならない威力の尾獣玉を放ち始めた。

多くの仲間が命を落とした。その中には共に戦ってきたネジもおり、悲しみに沈むナルトだが、ヒナタの叱咤激励により闘志を取り戻す。同じく命を落としたシカクは、最後にみんなの力を倍増させる作戦を伝えた。

命を落としてもなお里を守ろうとしたイタチの気持ちとは、そして一族とは、里とは、忍とは。その全てを知るために木ノ葉隠れの里に帰ってきたサスケの前に今、穢土転生によって4人の火影が復活した。

柱間が子供だった頃は「里」というシステムがなく、一族同士が争っていた時代に柱間とマダラは出会った。柱間は子供が死ぬような忍世界は間違っていると考え、世界を変えようと思うが、大人の理解は得られない。

柱間の父はマダラがうちは一族の少年だと知ると、「マダラを殺せ」と柱間に冷酷な命令を下す。そして、同じ未来を目指した2人は戦うことになり、柱間の思い描いた未来は夢半ばにしてついえてしまうのだった。

長い激闘の末、千手一族とうちは一族が手を組むことになり、夢を現実のものにするための里作りが始まった。子供の頃、2人で語りあった森を見渡せる崖の上で、柱間とマダラは発展していく街並みを眺める。

里を守るためマダラを倒し、柱間とマダラの戦いは終息した。そして里とは何か、忍とは何かを知るために話を聞いていたサスケに柱間は、忍とは「耐え忍ぶ者」だと言う。そんな柱間の意志を知ったサスケだが…。

ナルトが先陣に立つ忍連合軍と、オビト＆マダラの激戦が続く。ナルトのチャクラの衣に守られ、マダラや十尾の猛攻撃に耐える忍たちだが、ナルトの体力が底をつき、忍たちを覆っていたチャクラの衣が消えてしまう。

十尾が最終変化一歩手前まで変形し、特大の尾獣玉をため始める。忍たちにはそれを止める気力も力もないが、サクラやシカマルたちは諦めない。シカマルが策を練り、忍たちの力を合わせ尾獣玉を阻止しようとするが…。

ナルト、サスケ、サクラの3人が一堂に集結し、久々に第7班のメンバーが揃った。さらに穢土転生で蘇った歴代の火影たちも団結し、反撃を開始。結界で動きを封じられた十尾は無数の分裂体を出現させるのだが…。

かつて「伝説の三忍」とうたわれた自来也、綱手、大蛇丸を彷彿とさせるナルト、サクラ、サスケの3人が、巨大口寄せと共に堂々たる姿で戦場に現れた。サクラは回復役に専念し、ナルトとサスケが十尾に突撃する。

万華鏡写輪眼・神威の力によって移動した異空間で、カシとオビトが対峙する。昔のオビトならナルトと同じことを感じ、以前のオビトに戻れるとカカシは信じているが、オビトはそれを全否定する。

風の性質変化を会得するため、ナルトが木ノ葉隠れの里で修行をしていた頃。大勢の人が行き交う里の通りには人だかりができていた。だが、里の人たちが次々と何者かに吹っ飛ばされ、リーたちが駆けつけると…。

敵の狙いはナルトの身体に封印されている九尾だとわかり、里の仲間たちがナルトを守るべく決起。カカシやヤマトはもちろん、シカマルやネジたちが激闘を繰り広げ、さらには我愛羅とデイダラも参戦する。

ミナトにとどめを刺されたかと思われたオビトだが、十尾の巨体が全てオビトに吸収されていく。瀕死の重傷を負っていたはずのオビトは異様な姿に変貌し、十尾の人柱力となって復活を遂げるのだった。

十尾の人柱力として完全に自身を制御したオビト。そして冷静かつ冷酷に強力な攻撃を放ち、ナルトたちを絶体絶命の窮地に追い込む。一方、過去に因縁のある柱間とマダラは壮絶な戦いを繰り広げていた。

人柱力のオビトと対峙し、ミナトは後悔する。仮面の男が木ノ葉隠れを襲撃してきた時、すぐにオビトだと気づいていれば止めることができたかもしれず、クシナを死なせずに済んだかもしれないのだ。

ナルトにクシナの面影を見たミナト。そしてナルトとミナトの親子は力を合わせ、オビトに仙術攻撃を仕掛けた。次第に力を強めていくナルトに対し、オビトは無限月読のため十尾の最終形態「神樹」を出現させる。

十尾は最終形態の姿「神樹」となり、次々と忍たちを襲って多くの命を奪い、瀕死の重傷を負ったシカマルの命も尽きようとしていた。この窮状に「諦めるな」と柱間が語りかけるが、忍たちは絶望していた。

ナルトの過去の体験、想い、心が全ての忍の意識に流れ込み、忍たちの心をひとつにしていく。さらに、かつて柱間が思い描いた夢を知り、五影もついにその場に集結し、忍たちは再び希望と闘志を取り戻した。

ついにナルト＆サスケとオビトが決着をつけるべく対峙。ナルトとサスケは協力し、九喇嘛に須佐能乎の衣を着せて攻撃態勢に入る。一方、オビトは想いの強さを力にする六道仙人の神剣「ぬのぼこの剣」で迎え撃つ。

精神世界でオビトと対峙するナルト。オビトは自分のことを第二の六道仙人だと名乗るがナルトは認めず、「お前はうちはオビトだ」と言い放つ。そしてナルトはオビトのチャクラとリンクし、オビトの過去を垣間見た。

ナルトの言葉によってオビトは過去を思い出す。カカシとリンでチームを組んで中忍試験に参加したことや、カカシと喧嘩したこと、火影を目指し火影になることをリンに約束したことなどが、彼の脳裏をよぎる。

ナルトの説得で心が揺れ動くオビトだが、精神世界でかつての自分やリンの幻影が現れて翻弄される。一方、現実世界では全ての忍たちが力を合わせ、オビトから尾獣チャクラを引き抜くための綱引きが行われていた。

全ての尾獣が引き抜かれ、ついにかつての友であるカカシとオビトが対面し、オビトはある答えを出す。一方、復活した全ての尾獣たちと忍連合軍の忍たちは、最大の敵であるうちはマダラを止めるべく行動を起こす。

宗家と分家との間でひしめく「憎しみの運命」に縛られている日向一族。ヒナタの妹・ハナビは、宗家の跡取りとして奮闘する姉に憧れており、「強くて優しくて、格好いい姉さまのようになりたい」と思っていた。

姉のヒナタに代わって自分が跡取りとしてしっかりしなければとの思いから、ハナビは本心とは裏腹に厳しい修行を自身に課す。運命は変えられないという気持ちが強まるなか、木ノ葉隠れの里では中忍試験が開かれる。

十尾の人柱力となったオビトから尾獣を引いたナルトたち忍連合軍。残る敵はマダラだけとなり、決着をつけるためナルトは戦いを挑む。動けなくなってしまったオビトは、そんなナルトの姿に希望の光を見いだす。

オビトの術で生身の体を取り戻してしまったマダラの力は絶大だった。九体の尾獣を相手にしても引けを取らず、さらに自分の輪廻眼を取り戻したことによって外道魔像を口寄せし、全ての尾獣たちを鎖で拘束してしまう。

必死に抵抗するナルトだが九喇嘛を体から抜かれてしまい、ついに全ての尾獣が外道魔像の中にとらわれてしまった。そして、九喇嘛を引き抜かれたことによりナルトは気を失い、命の鼓動が徐々に弱まっていく。

ナルトに死の危機が迫り、木ノ葉の仲間たちや綱手が彼を案じるなか、ナルトはずっと里の希望だったことを思い出し、時はさかのぼっていく。それは、ナルトと自来也が修行の旅に出て長い月日がたった頃の話で…。

中忍試験開始に向け、準備が始まる木ノ葉隠れの里。カカシは、情報収集も兼ねて雨隠れの里に招待状を届けるよう綱手に命じられた。霧、雲、岩隠れの里からは参加を拒まれるが、滝隠れの里や草隠れは参加を表明する。

中忍試験が始まった。1次試験の筆記試験ではチームをバラバラにされて下忍たちが混乱するなか、試験官のシカマルは説明も手短に試験を始めてしまう。制限時間は30分で、一筋縄ではいかない問題が出される。

みんなが問題を解くことができず焦るなか、「解き方を教えてやる」と突然言いだすネジ。リーダー的立場で指示するネジが気に入らないほかの受験者がネジに戦闘を仕掛けるが、試験中は戦闘禁止なのだ。

2次試験会場は砂隠れの里。しかし我愛羅の命を狙う者たちがおり、管理官の立場は危険だとカンクロウは我愛羅を止めようとする。我愛羅にとって中忍試験は、ナルトと出会うきっかけとなった全ての始まりだった。

ついに2次試験が始まった。試験の内容は、広大な魔の砂漠での「天の書」と「地の書」の巻物争奪戦。このふたつの巻物を持って、魔の砂漠の中央にある拠点まで届けられれば合格だ。制限時間は72時間である。

シラはリーと同じく忍術が使えない忍だった。砂隠れでは忍術を使えない者は忍として認められなかったのだが、シラは体術の才能を我愛羅に評価され忍として認めてもらい、体術指南役にも抜擢された。

同じ体術使いとしてシラに戦いを挑むリー。体術を極めた者同士、剛拳と剛拳の闘いが始まった。互いの技のスピード、手数の多さは互角と思われたが、体格の差で押されていくリーにダメージが蓄積されていく。

砂漠を行くキバ、ヒナタ、シノの前に草隠れの忍が現れる。キバたちが所有するのは天の書で、草隠れは地の書。お互い必要な巻物を奪うための壮絶な戦闘が始まるが、キバは巻物を奪われてしまった。

巻物を草隠れの忍たちに奪われてしまったキバたち。相手は逃げることに関してのエキスパート故に、キバたちでも足取りが掴めない。ゴールの塔は目前だが、このままでは草隠れの忍たちが先にゴールしてしまう。

夜の砂漠で食事の準備を始めるネジたち。そこでテンテンは、巻物からお好み焼きの材料を出現させた。リーは砂漠でお好み焼きが食べられることに感動する。翌日、ネジたちは雨隠れのアジサイチームと遭遇する。

魔の砂漠に古い遺跡があった。その遺跡が巻物を奪いあう戦闘で崩壊し、テンテンとアジサイの2人は遺跡の奥深くへと落ちて閉じ込められてしまう。そこで2人は、脱出するため一時休戦ということにする。

日差しの強い砂漠を歩くいの、サクラ、チョウジの3人だったが、数々の戦闘で水と食料を失い窮地に陥っていた。その原因をなすりつけあって喧嘩するいのとサクラ。そんな時、サクラが巨大なサソリに襲われてしまう。

オアシスを目指すいのたちの前に砂の忍のアメノ、シシオ、コウジが現れ襲いかかる。アメノはサクラの腕を凌ぐほどの医療忍術の使い手で、治療だけでなく、攻撃にも特化した術でサクラたちを苦しめる。

ゴールを目指して砂漠を行くサクラたち。連戦続きでチャクラを使い果たしたサクラは休憩を取ることにする。だがその時、目の前に砂隠れの忍が操る怪しげなお菊人形が現れ、サクラたちは敵の忍に見つかってしまう。

動けないサクラを守るように戦ういのとチョウジだが、2人も連戦続きのため体力とチャクラが底を尽きかける。何もできず守られているなか、サクラはかつてナルトとサスケに守られてばかりだった自分を思い出す。

5代目風影・我愛羅の命を狙う砂隠れの上忍・フギは、監督官として砂漠を監視する我愛羅の目を欺き、魔の砂漠に大規模な砂嵐を巻き起こす。この猛威により、受験者たちの安全を考慮して試験はいったん中断する。

マツリたちを救出しにいった我愛羅は、謎の法師に襲われ尾獣を縛るチャクラの鎖にとらわれる。砂隠れの里は我愛羅の消息が掴めず混乱する。フギの目的は、混乱に乗じて我愛羅の中にいる尾獣を引き抜くことだった。

砂漠で倒れていたマツリを偶然助けたことにより、ネジたちは我愛羅の危機を知って行動を起こす。その頃、我愛羅とフウは謎の法師・ホウイチが放った特殊な鎖によって、尾獣を抜かれる危機に瀕していた。

5代目風影暗殺の首謀者であるフギと我愛羅が対峙。我愛羅は、かつて里の人々を傷つけた自分には風影の資格はないのかもしれないとフギに語る一方、この砂隠れにも自分の思いを受け止めてくれた者がいるとも言う。

舞台は第4次忍界大戦に戻る。尾獣を抜かれ、瀕死のナルトを必死に医療忍術で助けようとするサクラだが、ついにナルトの心臓が止まってしまう。一方、マダラに刀で胸を貫かれたサスケのチャクラも消えてしまった。

4代目火影・ミナトの九尾も黒ゼツに奪われナルトに死が迫るなか、さらに十尾の人柱力と化したマダラがカカシたちの前に現れる。カカシたちは総力を挙げてマダラに攻撃を仕掛けるが、全く歯が立たない。

オビトはマダラと対峙しながら、カカシと出会った幼い頃のことを思い出す。「仲間は絶対に助ける。それが俺の流儀だ」と言っていたカカシは、いつの頃からか冷酷に任務を優先するようになっていた。

「仲間を見捨てない」ことが流儀のオビトと、「任務優先」が流儀のカカシ。意見が合わないまま出撃した先で敵がオビトたちを襲う。だが、こんな状態でチームワークなど発揮できず、ミナト班は窮地に立たされる。

瀕死のサスケのもとにたどり着いた香燐たち。だが、サスケのそばには謎の人物がいた。一方、マダラと戦うカカシたちのもとへガイが駆けつける。六道の力を得たマダラには、仙術か体術によるダメージしか通用しない。

八門遁甲「死門」を開く決意をしたガイは、万年下忍で里の者たちからばかにされていた父親、マイト・ダイを思い出す。ある日、父親を侮辱にした中忍に怒った少年のガイは立ち向かうのだが、全く歯が立たない。

リミッターを外し極限まで力を引き出す究極の技、八門遁甲の陣。一時的に五影をも上回る何10倍もの力を出すことができるが、発動した者は必ず死ぬ。その八門遁甲の陣を発動したガイが六道マダラに攻撃を仕掛ける。

気がつくと精神世界にいたナルト。自分は死んだのかと不安になるなか、伝説の忍といわれている六道仙人と出会う。そこで自分が六道仙人の息子・アシュラの、そしてサスケがその兄・インドラの転生者だと聞かされる。

ナルトは師匠・自来也との修行の旅から3年ぶりに木ノ葉隠れの里に帰ってきた。帰りを待ちわびていた木ノ葉丸は、「新しい術を教えてくれ」とナルトに頼み込む。早速2人は、新術の修行を始める。

ナルトがどんどん強くなっていくなか、木ノ葉丸は「自分はナルトのライバルだ」と言い、闘志を燃やすナルトに勝つことを諦めず新術の修行に励む。ナルトが形態変化の修行に励めば、木ノ葉丸も己の修行に打ち込む。

ガイの命を懸けた八門遁甲の陣で、マダラは大きなダメージを負う。そこに、六道の力を手に入れて復活したナルトがやってきてマダラと戦闘を開始。戦いの最中、ナルトは新しい螺旋丸で神樹を切り倒すのだが…。

オビトの異空間からサクラが戻り、マダラと戦う戦場にはカカシが率いる第7班のメンバーが揃った。3人は昔と変わらず戦闘中だというのに口論を始め、その光景を見たカカシは第7班が初めて集まった時を思い出す。

無限月読とは、全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強の幻術だ。ついにマダラの手により無限月読が発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝き、不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた。

無限月読の発動で眠りに落ちたテンテン。目が覚めるとそこは木ノ葉隠れの里だった。里まで飛ばされ戸惑うテンテンだが、木ノ葉の仲間たちが現れた。そこにはなぜか死んだはずのネジもおり、みんなの様子がおかしい。

仲間たちの性格が正反対になっている世界に来たテンテン。おかしいのはみんななのに、自分が変だと言われてしまう。テンテンは幻術に長けた忍に会うため、抜け忍になる覚悟で木ノ葉の里を出ようと試みるが…。

無限月読にかかったキラービーが見る夢。そこは、尾獣の力を使って世界を変えようと目論む「暁」が暗躍する世界。その「暁」により尾獣の力を奪われ、ナルトたち人柱力は各地でとらわれの身となっていた。

「暁」が召喚した巨大兵器「十尾」。現在、この十尾を落風城の姫が封じているのだが、満月の夜にはその封印が解けてしまう。次の満月の夜までに人柱力全員を集め、姫を守ろうとするキラービーだったが…。

無限月読にかかった香燐が見る夢。うずまき一族として生まれた香燐は、かんだ相手を回復させるその特殊な能力故に辛い過去を生きてきた。里を追われ、草隠れの里でよそ者扱いを受けている香燐だったが…。

無限月読は、スサノオで守られているナルトたち第7班以外の忍たち全員を夢の世界にいざなう。火影である綱手もその術にはあらがえず、夢の世界へ落ちていった。そして、気がつくとそこは木ノ葉隠れの里だった。

自来也の書いた小説を読みふける綱手。小説はナルトの少年時代が描かれており、ミナトやクシナ、イタチなどが生きているもうひとつの木ノ葉の里の物語だった。そんな時、突然、手練れの中忍や上忍が行方不明になる。

姿を消した上忍を捜すナルトたちの前に飛段が現れた。そしてシカマルたちの前には弥彦、小南、長門が現れる。弥彦たちは「暁」の衣をまとっているが、なぜか「チーム・ジライヤ」と名乗りシカマルたちを襲う。

謎の集落へと誘導され、チーム・ジライヤと戦うシカマルたちだが、集落の子供たちを戦いに巻き込んでしまう。戦闘で崩れた地面から地下のトンネルへ落下してしまった子供たちを、弥彦たちは助けに向かうが…。

ナルトとネジの前に現れた謎の仮面の男が、「仲間の命よりも掟を優先する木ノ葉隠れの里の真実を知りたければついてこい」と言う。そして男は、過去に木ノ葉で起こったある事件の映像を2人に見せる。

仮面の男にチーム・ジライヤが「彼らは一度は任務を優先して立ち去ったが、子供たちのために戻ってきた」と報告。木ノ葉隠れ下忍たちの行動に仮面の男は満足するかと思われたが、引き続き監視を続けろと命じる。

サスケとサクラのもとに、ナルトとネジを除いたシカマルたち下忍が合流する。しかし、彼らの前に傀儡使いのヒルコが立ちふさがった。ヒルコは、100体もの傀儡で木ノ葉の里への道を封鎖してしまう。

異空間に来た自来也のおかげでナルトは動けるようになった。自来也はサスケたちを危機から救うため、ナルトに九尾の力をコントロールさせようと九尾の封印を弱めるが、かつて大ガマ仙人から受けた予言を思い出す。

ナルトも合流し、下忍たちは傀儡に襲われた危機を脱した。下忍たちを見た仮面の男は、若い忍たちにも未来があると感じてその結果に満足し、上忍たちの解放を約束。男と共に一部始終を見ていたネジも解放された。

任務を終えたナルトたちは木ノ葉の里に戻ってきた。今回の活躍で下忍の仲間たちから力を認められ始めたナルトだが、サスケだけは認めようとはしない。ナルトと違い、父親に期待されていないサスケは発奮する。

常にイタチと比べられ、一向にフガクに認められないことにいら立ちを募らせるサスケ。そして、そんなフラストレーションをサスケはナルトにぶつけてしまい、ふたりは新術を撃ちあう喧嘩を始めてしまう。

3年後。サスケは木ノ葉警務部隊の副隊長となった。だが、警務部隊の乱暴な取り締まりに里の人々は不満を募らせ、うちは一族の印象は悪くなっていく。そこへ、自来也と共に修行の旅に出ていたナルトが帰ってきた。

大蛇丸から力を得るため里を抜けるサスケだが、それはサスケの肉体を乗っ取ろうとする大蛇丸のわなだった。サスケの危険を知り、ナルトとシカマルが追いかけるが、面を被った暗部の者たちが2人に襲いかかる。

大蛇丸にサスケの体を届けると約束したダンゾウが、それを邪魔するナルトを抹殺すべく刺客を送り込んだ。その危機にネジ、リー、テンテンが駆けつけ、ナルトをサスケのもとへ送り届けるため暗部たちに戦いを挑む。

ネジやリー、テンテンが懸命に「根」の者たちの足止めをしたおかげで、ナルトはサスケの目的地である塔にたどり着いた。だが、時すでに遅く、サスケは自身の体を次の器として狙う大蛇丸と対面していた。

大蛇丸と共に去ってしまったサスケ。しかしナルトは諦めず、絶対に連れ戻すと決意してシカマルたちと共に里へ戻る。一方、里では死んだはずの弥彦が、木ノ葉に裏切られた復讐のため「ペイン」と名乗って現れた。

ヒナタが殺されかけたことで怒り狂うナルトは、尾が6本生えた状態で九尾化して暴走を始める。その力は凄まじいものだが、ペインの放った地爆天星により封印されてしまった。ナルトは何とか封印を破ろうとするが…。

ペインの襲来から数カ月が過ぎ、木ノ葉隠れの里の復興は終わろうとしていた。そんな時、自来也は、「暁」が忍里を襲って影や上忍たちをさらい、さらにサスケが「暁」と行動を共にしているという情報をもたらす。

ナルトとサスケの最後の対決。サスケを連れ戻したいナルトだが、サスケはナルトへ殺気を露わにする。サスケはナルトを敵対視する理由、ナルトに対する思いがなぜ生まれたのかなどを、ナルトを攻撃しながら振り返る。

マダラの無限月読により幸せな夢を見続ける忍たち。ヒナタやシカマル、サイや我愛羅たちは目覚めることなく時間が過ぎていく。一方ナルトたちは、サスケの輪廻眼で作られた須佐能乎の中で無限月読から逃れていた。

幼い頃に忍界大戦を経験したイタチは、他者を寄せつけない不思議な雰囲気を持つ子供だった。常に「命とは何か」を考える大人のような思考も兼備するイタチは、アカデミーに入学するや類いまれな才能を発揮し始める。

アカデミーを卒業したイタチは下忍となり、チームを組むことになった。チームの仲間は出雲テンマと稲荷シンコ。担当上忍は水無月ユウキで、このメンバーで猫バアから依頼された任務に出撃することになる。

親友のシスイからの依頼で、共に演習へ行くことになったイタチ。演習の内容は3つ。まずひとつ目は逃亡者の行方を探ることで、ふたつ目は夜営。この演習で、イタチはシスイから色々なことを学んで絆を深めていく。